Gesamtleiter des Instituts ist der Rektor. Er ist hauptverantwortlich für die Qualitätssicherung und eine gute Atmosphäre am Institut. Der Rektor koordiniert Schule und Internat. Gegenüber den Behörden und der Öffentlichkeit vertritt er die Interessen des Instituts Sancta Maria.
Dem Rektor zur Seite stehen Schul-, Internats- und Betriebsleiter mit je einem Stellvertreter. Momentan werden Schul- und Internatsleitung in Personalunion ausgeübt.
| Pater Pirmin Suter | Rektor, Schul- und Internatsleiter |
| Pater Leonhard Amselgruber | Rektor Stv., verantwortlich für die musikalische Bildung |
| Niklaus Köchli | Schulleiter Stv., verantwortlich für den Stundenplan |
| Bruder Severin | Internatsleiter Stv., verantwortlich für die Umgebung |
| Dionys Fallegger | Betriebsleiter, verantwortlich für Verwaltung, Küche, Hauswirtschaft |
Trägerschaft des Instituts
Das Institut Sancta Maria ist eine Schule der Priesterbruderschaft St. Pius X (= FSSPX). Diese ist eine von Erzbischof Marcel Lefebvre gegründete Priestervereinigung, die am 1. November 1970 in Freiburg in der Schweiz vom zuständigen Bischof François Charrière offiziell errichtet wurde.
Die Priesterbruderschaft St. Pius X. unterhält und leitet Schulen aller Stufen in unterschiedlichen Ländern. Als Rechtsträger für die Schulen in der deutschsprachigen Schweiz gilt der im Jahr 1995 ins Leben gerufene Immaculata-Schulverein (= ISV) mit Sitz in Wangs (Vorderbergstr. 2, 7323 Wangs).